据说盒饭（bentou）一词还是由16世纪的军事指挥官织田信长发明的。他在自己的城堡里，以平均分发食物给个人的形式，宴请了许多人。盒饭正是指以这种方式分配食物的简单膳食。到了江户时代（1603～1868年），人们把盒饭看作是出门远足，或者是去剧场看戏时的必备品。典型的“幕内盒饭”便是在那个时期出现的。幕内盒饭（makunouchi）由饭团和菜两部分组成，其特点是每一个小饭团上都撒有黑芝麻，并且都是把个数不等的小饭团排成两排，在其中央摆着一颗红红的酸梅，当白、黑、红三种颜色搭配在一起时，给人视觉上的享受。至于菜的种类，多是由鸡蛋卷、烤鱼和鱼糕组成。古时候，在上演歌舞伎的剧场里，观众席和舞台的距离很近，一部分观众席甚至延伸到了幕布内侧。幕间休息时，观众可以在座位上吃东西、喝饮料。久而久之，坐在幕布内侧的观众所吃盒饭就成了“幕内盒饭”，这也是其名称的由来。不过日本民间还有一种说法，讲的是幕内盒饭与相扑有关，因为旧时看相扑比赛吃的也是这种盒饭。
装幕内盒饭的容器被称为“折箱”，那是用薄木片或硬纸板折起来的盒子、箱子和匣子等。传说是日本古代的圣德太子受中国文化影响而发明的折箱。在日本江户时期，不论达官武士，还是贫民百姓，在外出看戏、赏樱花和看枫叶时，都喜欢用折箱盛装盒饭，因为这样既实用又美观。可以说折箱就是日本特有的食器文化代表，它的出现和使用，甚至一定程度上引发了日本人在生活、文化习俗等方面的变化。
到了明治时期（1868～1912年），日本开始有了铁路，于是车站盒饭(ekiben)也就应运而生了。第一种车站盒饭于1885年在枥木县的宇都宫车站出现。这种盒饭在饭团里加入了酸梅，由于口味独特，故很快便扩展到了全国。那时各个车站的小商贩，把一盒盒用带子捆好的盒饭通过开启的列车窗口卖给饥肠辘辘的旅客。
到了近代，盒饭的种类更是丰富多彩。像东京车站的极附盒饭，便是比较高档的车站盒饭。豪华的二段方盒，盛装着煮栗、莲根、魔芋块，还有大虾、牡蛎和烤鱿鱼、烤鲷鱼，以及白舞茸炸的天妇罗，给人清新的感觉。
下关站的河豚盒饭也是比较有特色的盒饭之一。圆形的饭盒上印有河豚的卡通漫画，很是可爱。饭菜的主角当然是河豚料理，有炸河豚肉、煮河豚肉，还有切丝的河豚皮。煮物有香菇和魔芋，还配有裙带菜和腌渍海胆，中间用鸡蛋丝做装饰，下面是正宗的寿司饭。吃到嘴里的平衡感很好，醋香和米香浑然一体。